1986年，當時澳門港務局局長蘇勵治海軍中校提出建立海事博物館，並選擇了位於媽閣廟前地的一個古老而美麗的建築物作為展覽大樓。

自1987年對外開放後，參觀人數不斷增加，加上各方的捐贈及新購得的藏品，使博物館迫切需要開設一座新而寬敞的展覽大樓。

在1990年6月24日，一座新的展覽大樓正式落成並啟用，在這裡可以安排展出一些新主題的展覽。展覽大樓的正面建築是按船的形式來設計，座落於河口旁，位於供奉漁民的女保護神（媽祖）的媽閣廟側面，並與已改為博物館辦公室之用的舊館處於同一廣埸。

海事博物館對外開放時間為上午十時至下午五時半(逢星期二休館)。